Fakultas Pertanian didirikan berdasarkan SK Dewan Pelaksana Harian YKPS No : 06/PS/IV/1985, tgl 22 April 1985. Pada tanggal 9 Maret 1987 diberikan S.K. Pemberian Status Terdaftar Kepada Fakultas/Jurusan/Program Studi di lingkungan Universitas Panji Sakti dengan Nomor : 0148/O/1987 dari  Direktur Jendral Pendidikan Tinggi. Pada awal berdiri, Fakultas Pertanian Universitas Panji Singaraja memiliki Program Studi Budidaya Pertanian, selanjutnya terjadi restrukturisasi sehingga berubah menjadi Program Studi Agroteknologi dengan diterbitkannya Surat Ijin Penyelenggaraan Nomor: 3207/D/T/K-VIII/2009, oleh Departemen Pendidikan Tinggi, Kantor Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta Wilayah VIII. Fakultas Pertanian melalui Program Studi Agroteknologi telah diakreditasi oleh BAN-PT dangan hasil status Terakreditasi BAN-PT No. 377/SK/BAN-PT/Akred/S/IX/2014 tanggal tanggal  2 Oktober 2014.  Selanjutnya dilakukan Reakreditasi Prodi Agroteknologi dengan standar terbaru (standar 9) pada tahun 2021 dari BAN-PT dengan SK No. 3109/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2021, tertanggal 19 Mei 2021 dengan pringkat akreditasi Terakreditasi Baik.